Kôichi, jeune écolier en quatrième année de primaire, découvre une pierre bien étrange dans le lit asséché d'une rivière et la rapporte à la maison. Alors qu'il décide de laver ce précieux trophée, un étrange animal en sort. Surprise, c'est un kappa, un esprit de l'eau.La famille de Kôichi appelle ce kappa Coo et décide d'en prendre soin. Toutefois, la rumeur de la présence de Coo ne tarde pas à se propager et toute la ville ne parle plus que de lui. Coo, inquiet d'ennuyer la famille de Kôichi, décide de partir. L'aventure de Coo à la recherche d'autres kappa commence.

2025 : 15 ans après avoir chassé les extra-terrestres de la surface de la Terre, Shinichi Ichikawa, plus connu sour le nom de Zebraman, se réveille amnésique. Il découvre que le maire de Tokyo, désormais baptisé Zebra City, a pacifié la métropole en instaurant une nouvelle loi : le Zebra Time. Chaque jour durant 5 minutes, les habitants peuvent assouvir leurs pulsions sous la surveillance de la police. Zebraman réalise cependant que la réalité est moins idyllique qu'il n'y paraît et que le maire et sa fille, la vénéneuse Zebra Queen, ont de noirs desseins. Pourra-t-il les arrêter ?