Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.

Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!

L’histoire prend place dans la capitale Japonaise, Tokyo, un an après les évènements de la série animée Blood-C. Kisaragi Saya est une jeune lycéenne, vivant avec son père adoptif dans un temple shintô. De nature maladroite, tête en l’air, naïve mais cependant très serviable, elle ne peut s’empêcher de faire le bien autour d’elle. Les apparences sont parfois trompeuses. En effet, derrière son regard d’ange, Saya est l’une des vampires les plus dangereuses de son espèce, œuvrant pour le gouvernement dans le but d’éradiquer toutes menaces surnaturelles.

Dans le village de Konoha, deux années après la 4ème grande guerre des ninjas, Naruto s’apprête à célébrer la fête de l’hiver entouré d’Hinata et de ses amis. Soudain, une météorite déchire la nuit de son intense lumière et voilà que la lune se rapproche anormalement de la Terre. Le Conseil des Kage se réunit en urgence face à cette menace de destruction de la planète ! Pour Naruto, Sakura, Shikamaru, Saï et Hinata le compte à rebours pour sauver la planète a commencé.

Après un conflit qui a déchiré toute la région, Konoha connait enfin la prospérité et le progrès. C’est dans ce contexte paisible que Naruto est nommé 7e Hokage à la tête du Village des Feuilles. Il prépare la tenue du prochain examen de sélection des Ninjas de Moyennes Classes afin de détecter de nouveaux talents. Seule ombre au tableau : son fils Boruto, qui lui en veut terriblement car il se sent délaissé. Mais voilà que Sasuke rentre brusquement au village avec des informations inquiétantes… Boruto, en admiration devant le seul rival sérieux de son père, prend son courage à deux mains et supplie le dernier des Uchiwa de l’accepter comme disciple. Pendant les épreuves de l’examen, deux sombres individus s'attaquent à Naruto ! Boruto est tétanisé et ne doit la vie sauve qu’à l’intervention de Sasuke. Il découvre stupéfait que Naruto a disparu avec ses mystérieux agresseurs au cours de l’attaque éclair…

Quelque temps après le Tournoi du Pouvoir, la Terre est paisible. Son Goku et ses amis ont repris leur vie. Cependant, avec son expérience du Tournoi, Son Goku passe son temps à s'entraîner pour continuer à s'améliorer car ce dernier est conscient qu'il reste encore beaucoup d'individus plus forts à découvrir au sein des autres univers. Lorsqu'un jour, le vaisseau de Freezer refait surface sur la Terre. Celui-ci est accompagné d'un Saiyan, nommé Broly, avec son père, Paragus. La surprise de Son Goku et Vegeta est immense puisque les Saiyans sont censés avoir été complètement anéantis lors de la destruction de la planète Vegeta. Ils n'ont donc pas d'autre choix que de s'affronter, mais ce nouvel ennemi s'adapte très vite aux adversaires qu'il affronte…

Seki Oriko, dite OKKO, est une petite fille formidable et pleine de vie. Sa grand-mère qui tient l’auberge familiale la destine à prendre le relais. Entre l’école et son travail à l’auberge aux côtés de sa mamie, la jeune Okko apprend à grandir, aidée par d’étranges rencontres de fantômes et autres créatures mystérieuses !

Shin et Kotori sont deux lycéens ordinaires qui vivent à Tokyo. Un jour, Shin rencontre son parfait sosie. Le garçon s'appelle Jin et prétend venir d’un monde parallèle sur lequel règne une princesse malfaisante. Pour sauver les siens, il doit vite trouver le double de la persécutrice. La vie des lycéens bascule quand Shin découvre que la sombre princesse ressemble à son amie…