Kira (Light) et L se sont rencontrés, et Light intègre l'équipe chargée d'enquêter sur l'affaire Kira. Un deuxième Kira apparaît, en la personne de Misa Amane, qui veut plus que tout rencontrer Kira (Light)...

1969 : Kenji et sa bande de copains passent leurs vacances d'été à rêver de l'exposition universelle d'Osaka et à s'inventer un scénario catastrophe de fin du monde depuis une base secrète improvisée dans un terrain vague. A cette époque, Kenji voulait devenir une rock star et sauver l'humanité.1997 : Kenji aide sa mère dans la supérette de quartier tout en jouant la baby-sitter pour sa nièce Kanna. Ses rêves de gamin resurgissent lorsque la police le questionne sur une mystérieuse organisation dont le symbole serait identique à celui inventé dans le "cahier des prédictions" de sa bande lorsqu'il était enfant.Le compte à rebours commence, la fin du monde est proche...

2015. Quinze ans se sont écoulés depuis le Nouvel An Sanglant qu'Ami a fait subir au monde en suivant le cahier des prédictions de la Bande à Kenji. L'histoire officielle raconte que Kenji et sa bande sont les terroristes à l'origine de cette apocalypse, tandis qu'Ami est vénéré dans le monde entier comme un sauveur. Il prédit la fin de l'humanité et annonce que ne seront sauvés que ceux qui croient en lui. Depuis la disparition de son oncle Kenji, Kanna mène une vie d'adolescente rebelle sous la tutelle de Yukiji qui peine à honorer sa promesse de veiller sur elle. Après des années de recherches, l'un des membres de la bande découvre l'existence d'un " Nouveau Cahier des Prédictions ", qui décrit entre autres cet événement : " En 2015, dans une église de Shinjuku, un sauveur se dressera pour défendre la justice et sera abattu par un assassin. " Qui est ce sauveur ? A nouveau, le jugement dernier s'approche...

2017. Ami est devenu Président du Monde et dirige l’humanité toute entière. Après qu’un virus meurtrier ait ravagé Tokyo, la ville est isolée du reste du monde par des fortifications et une surveillance étroite. Jusqu’au jour où Ami déclare que l’humanité est menacée par des extra-terrestres. Seuls ceux qui croient en lui seront sauvés.

Hideo, assistant-dessinateur de mangas, n'a pas la vie idéale qu'il espérait. Il gagne peu d'argent, ne parvient pas à faire éditer ses mangas, et sa compagne le met à la porte alors qu'un étrange virus se propage dans tout le pays. Hideo assiste à la destruction de la société japonaise par des infectés et des survivants qui ont pour la plupart abandonné eux aussi toute humanité.

Alors que les culottes du monde entier sont en train de disparaître, Aiko a des doutes sur ses sentiments envers Kyosuke et décide de partir avec la culotte avec laquelle le jeune homme se transformait en Hentai Kamen pour combattre le mal. Souffrant du départ de Aiko, le héros décide de se retirer, c'est alors qu'un nouveau grand méchant apparaît...