UC 1926. Le 203e bataillon de mages de l'armée de l’air impériale dirigé par le major Tanya Degurechaff a remporté la bataille au sud contre la République. Ils espéraient profiter d’un repos mérité après leur retour victorieux, mais à peine rentrés chez eux, le QG de l’état-major leur fait parvenir de nouveaux ordres. En effet, des signes semblent indiquer un déploiement à grande échelle près de la frontière entre l'Empire et de la Fédération. Face à la perspective d’un nouvel ennemi majeur, l’Empire désespéré attise la flamme de la guerre…

Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?

L'histoire se déroule 6 ans après les événements de Digimon Adventure et 3 ans après ceux de Digimon Adventure 02 (les films étant également comptabilisés). Suite au combat contre Belial Vamdemon, le Digital World s'est refermé et les Elus ont repris leur vie dans le monde réel. Mais un jour, Kuwagamon apparaît subitement à Odaiba. Témoin de la scène, Taichi Yagami, désormais 17 ans, le prend en chasse, seul, mais il comprend bien vite qu'il est impuissant sans son partenaire. C'est alors qu'un miracle se produit.

Le film AnoHana est un remake de la version animée. Il reprend les mêmes évènements mais du point de Meiko Honma (Menma) et y apporte des révélations et des scènes inédites. Jinta Yadomi, Naruko Anjô, Atsumu Matsuyuki, Chiriko Tsurumi, Tetsudô Hisakawa et Meiko Honma étaient six amis d'enfance passant tout leur temps ensemble. Des années plus tard, la petite bande est séparée depuis longtemps et ne se revoit plus. En effet, Menma a perdu la vie suite à un brusque accident dans une rivière. Jin-tan, devenu hikikomori depuis la mort de sa mère et de son amie, se voit le droit de revoir Menma. En effet, l'âme de sa défunte amie est présente devant lui. Celui-ci étant le seul à pouvoir la voir et lui parler, Jin-tan mettra cette apparition sur le compte d'un choc post-traumatique. Pourtant, le lycéen va tenter de renouer contact avec ses anciens amis pour réaliser le souhait de Menma : partir en paix.

Jun TENDÔ est un jeune lycéen fraîchement débarqué dans la ville de Kyōto. Ayant perdu son père dans un accident sept ans auparavant, il vit depuis seul avec sa mère. Un jour, de retour de l'école, il est poursuivit par un démon.Réfugié dans un vieux temple, il est secouru par le légendaire Momotarō et se retrouve bientôt projeté un millénaire auparavant dans le Kyōto devenu capital du Japon et en proie à des profonds troubles. Les habitants y combattent avec ferveur les pratiquants de la magie - appelés démons - qu'ils croient responsable du retour de Yamata-no-Orochi. Une légende parle de la venue d'un être pur qui combattera le démon et Jun est accueilli comme l'enfant héros de la prophécie.Tiraillé entre les seigneurs de Kyōto et le clan des démons représenté par la jeune Mizuha, le jeune garçon devra faire des choix et répondre à cette épineuse question : les Hommes et les Démons ne peuvent-ils pas coexister ?