Quelques années après les événements de l'OAV Armitage III, Naomi et Ross sont toujours ensemble et élèvent leur petite fille Yoko en vivant sous de fausses identités. Le gouvernement de Mars souhaite entamer la phase Zephyria du programme de terraformation qui achèvera le plan de colonisation en dotant la planète rouge de ses propres océans. D'un autre côté, les dirigeants de la Terre préférerait voir ce monde demeurer une colonie à leur botte...

Ce film est une version alternative de la série télévisée ; il est composé des deux OVA de 2007, éditées pour améliorer le rythme de l'intrigue, et d'un segment supplémentaire ressemblant à un épisode télévisé où les acteurs sont chargés d'étudier les fleurs. L'intrigue présente plusieurs différences avec la série télévisée. L'accent est plus marqué sur les événements d'il y a 12 000 ans, en particulier la mort d'Apollonios et l'implication de la précédente incarnation de Reika.

Au crépuscule du 19e siècle, le Japon est traversé par une crise majeure qui signera la fin de l'époque d'Edo, l'ouverture du pays et le début de l'époque moderne. Les clans Satsuma et Chôshû s'allient pour renverser le shogunat des Tokugawa, au pouvoir depuis deux siècles, et aspirent à rétablir le régime impérial. Sur fond de luttes intestines, le Shinsengumi, un groupe de samouraïs resté loyal au shogun, se prépare à une guerre qui semble inévitable…