Kyoto, au XIe siècle. Sous le portique d'un vieux temple en ruines, Rashômon, trois hommes s'abritent de la pluie. Les guerres et les famines font rage. Pourtant un jeune moine et un vieux bûcheron sont plus terrifiés encore par le procès auquel ils viennent d'assister. Ils sont si troublés qu'ils vont obliger le troisième voyageur à écouter le récit de ce procès : celui d'un célèbre bandit accusé d'avoir violé une jeune femme et tué son mari, un samouraï. Le drame a eu lieu dans la forêt à l'orée de laquelle est situé le portique de Rashômon. L'histoire est simple : Qui a tué le mari ? Le bandit Tajomaru, la femme, un bûcheron qui passait ou le mari lui-même qui se serait suicidé ? Autant d'hypothèses vraisemblables. Mais les dépositions des témoins devant le tribunal apportent à chaque fois une version différente du drame, et la vérité ne percera qu'après de nouvelles révélations surprenantes...

Atteint d'un cancer, Watanabe, chef de service du génie civil, décide de réaliser le projet qu'il avait tout d'abord repoussé : celui d'assainir un terrain vague du quartier de Hureocho pour que les enfants puissent jouer dans un véritable jardin.

Au XVIème siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.

Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.

Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée : Washizu deviendra seigneur du château de l’Araignée, mais ce sera le fils de Miki qui lui succèdera. Troublé par cette prophétie, Washizu se confie à sa femme, Asaji. Celle-ci lui conseille alors de forcer le destin en assassinant Tsuzuki…

À Yokohama, un malfaiteur kidnappe un enfant, qu'il prend pour le fils d'un industriel japonais. Il s'agit en fait du fils de son chauffeur. Le commissaire Tokura est chargé de l'affaire.

Jirozaemon est un riche et honnête fabricant de soie qui avait été abandonné à la naissance par une famille inconnue mais sans doute aisée. Il est affecté d'une cicatrice au visage dont l'extrême laideur fait fuir les femmes. Comme il souhaite une épouse coûte que coûte, des clients lui arrangent des rencontres : en vain. Ils décident un jour de distraire le malheureux en l'emmenant à Yoshiwara, le quartier des plaisirs de Edo (ancien nom de Tokyo). Là-bas, même les geishas ne veulent pas lui tenir compagnie. Seule Tamazuru, une prostituée de bas-étage sortant de prison et décidée à monter dans la hiérarchie sociale, accepte la compagnie du « monstre ». Celui-ci s'en émeut. Elle lui promet le mariage s'il l'aide à devenir « première courtisane ». Jirozaemon se ruine pour elle, à un moment où son entreprise traverse une mauvaise passe, avant de réaliser que le tout Yoshiwara s'est moqué de lui...