Dans un monde où la nature est hostile à l'Homme, Nausicaä - princesse de la Vallée du Vent - se bat pour protéger son village. Mais la guerre des hommes frappe à leur porte. Les vestiges d'une humanité industrielle menacent l'équilibre entre les rescapés humains du grand cataclysme et les insectes, protecteurs de la forêt toxique.

La baie de Tokyo est le théâtre de tragiques événements. Plusieurs accidents s'y produisent et l'origine du phénomène qui les cause demeure encore un mystère. Les agents Kusumi et Hata, chargés d'élucider cette sombre affaire, s'aperçoivent que les diverses victimes sont à la fois les hommes et les Labor, ces gigantesques robots mis au point par les entreprises de construction japonaises à la fin du siècle et qui permettent d'effectuer de cyclopéens travaux d'aménagement.

Autrefois, les Hunters ont été divisés en deux groupes. Un côté Lumière et un côté Ténèbres. Chacun emprunta une voie différente. Plusieurs années plus tard, le côté des Ténèbres ressurgit et attaque Kirua et Kurapika. Ils ont la ferme intention d'exterminer tous les Hunters encore en activité. Ce groupe est mené par un certain Jed, un individu qui semble étroitement lié à Netero, le président de l'association des Hunters. Ainsi commence une véritable guerre opposant les Hunters à leur côté sombre...

Au cours d'une promenade dans Yokohama, Kenshin, Sanosuke, Kaoru et Yahiko assistent à une confrontation entre des marchands soûls et une jeune femme. Un samouraï, Takimi Shigure, s'interpose et vient rapidement à bout des marchands. Lui et Kenshin se lient d'amitié, mais Kenshin découvre que Takimi essaye de fomenter une révolution contre le gouvernement Meiji…