Asuka et Mari sont envoyées dans l'espace, pour y récupérer un mystérieux tesseract. Mais en pleine mission, elles sont attaquées par les anges de la SEELE. Soudain, les cris d'Asuka, qui se trouve en difficulté, provoquent l'éveil de la créature contenue dans le tesseract... Pendant ce temps, sur Terre, Kaworu Nagisa s'impatiente de faire enfin connaissance avec Shinji Ikari...

Sous l'attaque constante de monstrueuses créatures appelées Ange, qui cherchent à éradiquer l'humanité, l'agence spéciale NERV des Nations Unies, ajoute deux nouveaux pilotes d'EVA pour aider à défendre la ville de Tokyo-3 : la mystérieuse Mari Illustrious Makinami et l'intense Asuka Langley Shikinami. Pendant ce temps, Gendo Ikari et la SEELE avancent en secret sur un projet qui concerne Rei et Shinji.

Sur la planète Mars, en 2071, un camion-citerne explose dans le cratère d'Alba City. Aux dizaines de victimes tuées par l'explosion s'ajoutent des centaines de personnes qui succombent à une mystérieuse maladie. Les autorités soupçonnent une attaque biologique terroriste et offrent une énorme récompense pour la capture des responsables.Sans un sou en poche, les chasseurs de prime du Bebop voient là l'occasion de se renflouer et entament leur enquête. Une ombre entraperçue, une capsule de poison, un consortium pharmaceutique, un tatouage, un suspect mort depuis longtemps et une unité militaire spéciale, telles sont les pièces du puzzle qu'il leur faudra rassembler pour espérer percer le secret...

« The End of Evangelion » est un film divisé en deux parties (« Love is Destructive » et « One More Final: I need you ») proposant une conclusion alternative à de la série « Neon Genesis Evangelion ». Alors que la NERV, le dernier rempart contre les Anges, est assailli par les militaires qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci contre les neuf EVA. Le monde se prépare à subir le Troisième Impact.