Alors que Miki et Kaori assistent à l'inauguration du complexe de Bay City, Ryô, qui a perdu son carton d'invitation, erre dans les rues en quête de l'adresse de la réception. Il tombe alors sur une charmante jeune femme qui se révèle être poursuivie par Falcon. Profitant de l'intervention de Ryô, elle s'enfuit à bord d'une luxueuse Rolls Royce. Les deux amis se lancent alors à sa poursuite ce qui les mènent tout droit à l'hôtel de Bay City…

Alors que la terre n'est plus qu'une immense décharge de mécaniques rouillées où cohabitent robots et chasseurs de primes, le Dr Ido trouve par hasard la tête d'un cyborg vieux de plusieurs siècles et décide de la reconstruire. Mais Gally à sa renaissance n'a aucun souvenir de sa vie précédente. La violence impitoyable de la décharge révèlera ses incroyables aptitudes guerrières et la fera entrer dans l'univers terrifiant des chasseurs de primes.

Kaori commence à vraiment paniquer, car cela fait des mois que City Hunter n'a pas eu de clients, donc pas d'argent ! Alors qu'elle se démène pour trouver de nouveaux clients en distribuant des tracts, Ryo, lui, drague. Mais c'est comme ça qu'il tombe sur une charmante jeune femme fraîchement arrivée de Los Angeles et qui veut que City Hunter la protège d'un mafieux qu'elle a humilié en public. Pour cette protection, elle promet même de leur payer 1 million de dollars ! De son côté, Falcon apprend à Kaori qu'un tueur à gages est aussi arrivé des États-Unis pour éliminer Ryo…

A l'époque du déclin des samouraïs, à l'aube de l'ère Meiji. Seibei Iguchi est un samouraï de basse caste. Devenu veuf, il doit s'occuper seul de ses deux fillettes, de sa mère malade, après de lourdes heures de travail comme gestionnaire d'entrepôt. Comme il rentre toujours tôt, ses amis et voisins le surnomment "Seibei le Crépuscule". Ils lui conseillent de se remarier, mais comme il est pauvre, il devra se contenter de n'importe quelle femme.C'est alors que réapparait la belle Tomoe, son amour de jeunesse, qui a divorcé d'un mari brutal. Un soir qu'ils sont ensemble, l'ex-mari, en état d'ivresse, les surprend, et provoque Seibei en duel : ce dernier arrive néanmoins à le vaincre avec une simple épée de bois, en usant de techniques enseignées par un vieux maître.La rumeur de sa victoire se répand, et son clan le désigne alors pour mater un samouraï rebelle très dangereux...

Quelques années après la disparition de Boo, Birusu, le dieu de la destruction, se réveille après 39 ans d'hibernation. Quelques années auparavant, le Poisson Oracle lui avait prédit qu'un puissant guerrier se dresserait contre lui dans exactement 39 ans. Ayant eu echo de la mort de Freezer, Birusu décide alors de partir à la recherche de son bourreau, Son Goku, dans l'espoir de tomber sur le fameux guerrier de la prophétie du Poisson Oracle.

Dans un futur pas si lointain, les androïdes sont devenus d'usage normal, tel que les humains les traitent comme des objets de tous les jours. Néanmoins, certaines personnes sont attirées par ces androïdes à cause de leur apparence humaine (mis à part l'anneau flottant au dessus de leurs têtes) et ceci est devenu un problème de société. Un jour, Rikuo, qui prenait les robots pour choses acquises, découvre que son androïde domestique, Sammi, agit bizarrement et trouve une phrase enregistrée dans son journal d'activité. Avec son ami Masaki, il décide alors de suivre Sammi et tombe sur un café inhabituel, où la première règle est de ne pas faire de différence entre humains et androïdes.