Takao, un jeune lycéen qui souhaite devenir cordonnier, sèche les cours et se rend dans un jardin japonais où il s’entraîne à dessiner des chaussures. Il y fait la rencontre de Yukino, une étrange jeune femme qui ne vient dans le jardin que les jours de pluie. Alors qu’ils deviennent de plus en plus proches, la saison des pluies touche à sa fin…

Katô Marika, étudiante de troisième année à l'Académie pour filles de Hakuho, est une pirate de l'espace légitime dotée d'une Lettre de Marque. Entre ses études, son club le "yacht de l'espace", son travail à mi-temps au café, et le fait d'être le capitaine du vaisseau pirate Bentenmaru, les jours de Marika sont très occupés.Un jour, Marika décroche un travail où elle et son équipe doivent piller un vaisseau de luxe, elle découvre grâce à la liste des passagers qu'un garçon nommé Kanata Mugen est sur le vaisseau, cet étrange garçon possède un "passe de la galaxie". Ainsi, une course dans l'hyperespace entre les pirates et le jeune garçon commence.

Seki Oriko, dite OKKO, est une petite fille formidable et pleine de vie. Sa grand-mère qui tient l’auberge familiale la destine à prendre le relais. Entre l’école et son travail à l’auberge aux côtés de sa mamie, la jeune Okko apprend à grandir, aidée par d’étranges rencontres de fantômes et autres créatures mystérieuses !