A la fin de la Seconde Guerre mondiale, le calvaire des derniers soldats japonais, pris entre les guérilleros philippins et les troupes américaines.

2038, la domination des ordinateurs est une réalité, l'homme est la dernière défense dans la grande guerre des robots. L'histoire de l'humanité a pris un tournant décisif, la planète étant dirigée par des ordinateurs ultra-perfectionnes disposant de puissant robots. Malheureusement, une longue période de paix et de prospérité prend fin brutalement lorsque le plus puissant des ordinateurs, Chiron 5, déclare la guerre à la race humaine.

Enfant, le prodige du baseball Jubei Vakyu causa la mort de son père. Devenu l’un des délinquants juvéniles les plus redoutés du Japon, Jubei est jeté en prison et rejoint l’équipe de baseball locale pour vaincre les Black Dahlia, une équipe féminine s’étant juré de décimer chaque équipe adverse dans des torrents d’hémoglobine. Dans l’ombre, l’administration pénitentiaire concocte un plan machiavélique.

Malgré un début de carrière d’écrivain prometteur, Ryota accumule les désillusions. Divorcé de Kyoko, il gaspille le peu d’argent que lui rapporte son travail de détective privé en jouant aux courses, jusqu’à ne plus pouvoir payer la pension alimentaire de son fils de 11 ans, Shingo. A présent, Ryota tente de regagner la confiance des siens et de se faire une place dans la vie de son fils. Cela semble bien mal parti jusqu’au jour où un typhon contraint toute la famille à passer une nuit ensemble…

Sur la planète Mars, en 2071, un camion-citerne explose dans le cratère d'Alba City. Aux dizaines de victimes tuées par l'explosion s'ajoutent des centaines de personnes qui succombent à une mystérieuse maladie. Les autorités soupçonnent une attaque biologique terroriste et offrent une énorme récompense pour la capture des responsables.Sans un sou en poche, les chasseurs de prime du Bebop voient là l'occasion de se renflouer et entament leur enquête. Une ombre entraperçue, une capsule de poison, un consortium pharmaceutique, un tatouage, un suspect mort depuis longtemps et une unité militaire spéciale, telles sont les pièces du puzzle qu'il leur faudra rassembler pour espérer percer le secret...