Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence...

Sur la route, le Loup à l'enfant est provoqué en duel à cinq reprises par les meilleurs guerriers du fief Kuroda, chargés de vérifier son invincibilité avant de lui confier une mission cruciale : tuer le moine Jikei qui s'apprête à trahir leur suzerain en remettant au clan Yagyû un document compromettant : Kuroda, amoureux fou de sa concubine et manipulé par elle, a en effet signé un décret interne faisant de leur fille son héritière, au détriment de son fils légitime. Ogami accepte le travail et part à la recherche du moine. Mais le clan Yagyû est prêt à tout pour récupérer le document qui lui permettra, au nom du Shôgun, de démanteler le fief Kuroda et de récupérer ses territoires.

Ittô Ogami est payé pour éliminer O-Yuki, une redoutable femme guerrière qui servait dans la garde d'élite de son suzerain jusqu'au jour où elle fut atteinte d'une inexplicable folie meurtrière. Sa mort évitera au fief l'ingérence du pouvoir central. Ogami retrouve bientôt O-Yuki, fille d'une grande beauté qui se bat seins nus (et tatoués) pour mieux déstabiliser ses adversaires. Il comprend bientôt la tragique raison qui pousse O-Yuki à tuer les samouraïs de son clan, mais ne renonce pas pour autant à honorer son contrat. Au même moment, un combat d'une toute autre ampleur attend Le loup à l'enfant : prévenu par ses espions, Retsudô Yagyû est déjà sur les lieux, prêt à défier Ogami en combat singulier.