A rich student's fiancee has her face destroyed by a car accident, and refuses to return to him fearing the loss of his love.

A New York, en 1977, le journal du New York Times, fait mention dans ses colonnes de l'existence de toute une colonie de clochards vivant dans les souterrains qui serpentent dans les égouts de la ville. Mais d'autres rumeurs disent que ces souterrains serviraient à stocker en secret des déchets. « A.J », un ex-détenu que l'on surnomme aussi « le Révérend », et qui vient en aide aux miséreux, en leur offrant « gîte et couvert », signale la disparition de l'un de ses plus fidèles sans-abri, mais au commissariat, personne ne daigne lever le petit doigt pour des laissés pour compte. Même le Capitaine Bosh, qui a déjà mis « A.J » sous les verrous, ne s'y intéresse pas. Pourtant, lorsque sa femme ne rentre pas un soir, il décide d'en savoir un peu plus sur ces disparitions, en lui rendant visite. « A.J » lui affirme qu'il n'est pas le seul à ne plus venir manger et qu'étrangement, ce sont seulement ceux qui vivent dans le sous-sol, qui ont disparu.

Josh Baker, dessinateur à New York, tombe amoureux d'une jeune femme, Cheryl. S'effondrant en pleine rue, celle-ci est récupérée par une mystérieuse ambulance. Josh s'aperçoit alors que Cheryl n'a été admise dans aucun hôpital de la ville, et va alors mener son enquête, la police ne croyant pas ses dires...

En 2257, le commandant Sinclair et les officiels de Babylon 5 s'apprêtent à accueillir l'ambassadeur Kosh du puissant et mystérieux Empire Vorlon. Mais à peine celui-ci est-il arrivé sur la station, qu'il est victime une tentative d'assassinat : au Medlab, le docteur Kyle ne peut rien faire étant donné que Kosh est enfermé dans une sorte de carapace protectrice et que l'Empire Vorlon refuse catégoriquement qu'elle soit ouverte. Mais Sinclair passe outre les ordres des Vorlons afin de sauver Kosh : le docteur Kyle ouvre en partie sa combinaison et Lyta Alexander, la télépathe commerciale de la station, le scanne dans le but de découvrir ce qui s'est passé.

En 2258, 10 ans après la guerre entre l'Alliance terrienne et la Fédération minbarie, Jeffrey Sinclair prend le commandement d'une station spatiale appelée Babylon 5. Située dans une zone neutre de l'espace, elle accueille les représentants des différentes races composant la communauté galactique, et regroupe au sein d'un Conseil les cinq principales puissances et la Ligue des mondes non alignés qui sont décidées à maintenir la paix et la prospérité dans la galaxie.