En octobre 1994, trois jeunes cineastes, Heather Donahue, Joshua Leonard et Michael Williams, disparaissent en randonnee dans la foret de Black Hill au cours d'un reportage sur la sorcellerie. Un an plus tard, on a retrouve le film de leur enquete. Le Projet Blair Witch suit l'itineraire eprouvant des trois cineastes a travers la foret de Black Hills et rend compte des evenements terrifiants qui s'y sont deroules. A ce jour, les trois cineastes sont toujours portes disparus.
En pleine Guerre d'Afghanistan, un groupe de réservistes des forces spéciales va devoir affronter un ennemi bien différent des talibans. Envoyés au milieu du désert par leurs supérieurs qui ont détecté un fort taux de radioactivité dans cette région supposément hantée, ils se rendent bientôt compte que la légende est vraie. Quelque chose se tapit sous le sable depuis des temps immémoriaux...