A Chicago, Mick O'Brien, un jeune malfrat, est envoyé en prison pour avoir tué le frère de Paco Moreno. Ce dernier se venge en violant la petite amie de Mick. Paco se retrouve alors dans le même pénitencier que Mick.

Le Docteur Kate Forster s'apprête à entamer une nouvelle carrière et une nouvelle vie dans un grand hôpital de Chicago. Son seul regret : abandonner la superbe maison qu'elle avait louée sur les berges d'un lac de l'Illinois... Avant de partir, elle laisse un mot à l'attention du prochain occupant, pour lui demander de faire suivre son courrier et lui indiquer que les empreintes de pattes qui maculent la jetée et le seuil de la maison étaient déjà là avant qu'elle n'y emménage. En prenant possession des lieux, l'architecte Alex Wyler a un choc : la maison, poussiéreuse, sale, ne ressemble en rien à l'image qu'il s'en faisait. Et pas la moindre trace de pattes... Des années plus tôt, Alex avait occupé cette résidence familiale, construite par son père. Il décide de la restaurer sans prêter davantage attention au mystérieux message de Kate...

Dans ce nouveau volet, Batman augmente les mises dans sa guerre contre le crime. Avec l’appui du lieutenant de police Jim Gordon et du procureur de Gotham, Harvey Dent, Batman vise à éradiquer le crime organisé qui pullule dans la ville. Leur association est très efficace mais elle sera bientôt bouleversée par le chaos déclenché par un criminel extraordinaire que les citoyens de Gotham connaissent sous le nom de Joker.