Superman, le héros de Metropolis, doit affronter un cyborg organique assoiffé de pouvoir : Brainiac. En effet, ce dernier absorbe l'intelligence et la connaissance d'un peuple, avant d'en exterminé la civilisation, en prenant soin de garder un échantillon d'une ville et ses habitants comme trophée. Avec l'aide de Supergirl, Superman va tout tenter pour détruire Brainiac et l’empêcher de détruire la Terre.
Alors que Margot, 16 ans, a disparu, l’enquête ouverte ne donne rien et malgré les heures décisives qui s’écoulent, l’inspectrice chargée de l’affaire n’a pas le moindre indice. Le père, David, décide alors de mener ses propres recherches, en commençant par là où personne n’a encore regardé : l’ordinateur de sa fille.