En 2077, le Japon domine les secteurs de la robotique et de la biotechnologie. Mais les Nations-Unies considèrent ces avancées technologiques comme une menace pour l'humanité et mettent en place un système de réglementation draconien. Le Japon se retire alors de l'ONU et s'isole complètement du reste du monde. Dix ans plus tard, une unité des forces spéciales américaines - dont l'un des membres est le Lieutenant-Commandant Vexille - est envoyée pour enquêter sur la situation réelle au Japon. Ce qu'ils vont découvrir changera la face du monde ?

Takiya, un nouveau venu au sein du lycée Suzuran, où des bandes très violentes s'affrontent quotidiennement, veut tenter d'en prendre le contrôle. Pour ce faire, il est entraîné par Katagiri, un ancien Yakuza, et doit lutter contre son rival Serizawa.

Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.

Dans un univers virtuel du nom d'Avalon(f), suite à une guerre thermonucléaire le monde n'est plus qu'un immense champ de bataille désertique, parcouru par des monstres nommés "Suna Kujira" (Baleines des Sables). Quatre combattants, trois femmes et un homme, affrontent ces créatures sous la supervision du terminal central du jeu. Ils doivent unir leurs forces pour affronter l'ennemi le plus puissant du niveau : Madara Suna Kujira.

2199. La galaxie a sombré dans la plus impitoyable des guerres. Les radiations ont rendu la terre inhabitable, et il n’y aura bientôt plus de refuge possible pour l’espèce humaine. Un seul vaisseau peut retrouver la machine de décontamination qui sauverait la Terre d’une extinction inévitable…