2025 : 15 ans après avoir chassé les extra-terrestres de la surface de la Terre, Shinichi Ichikawa, plus connu sour le nom de Zebraman, se réveille amnésique. Il découvre que le maire de Tokyo, désormais baptisé Zebra City, a pacifié la métropole en instaurant une nouvelle loi : le Zebra Time. Chaque jour durant 5 minutes, les habitants peuvent assouvir leurs pulsions sous la surveillance de la police. Zebraman réalise cependant que la réalité est moins idyllique qu'il n'y paraît et que le maire et sa fille, la vénéneuse Zebra Queen, ont de noirs desseins. Pourra-t-il les arrêter ?

À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...

Les camarades de lycée Yuu et Haru voyagent entre le monde réel et un univers parallèle fantastique pour aider leur amie Kotona, dont la vie est menacée.