Aux quatre coins du monde, pendant leur sommeil, des enfants se font kidnapper. Ils sont hypnotisés par une étrange musique qui les conduit tout droit au siège de Queen Badiane, le château Massepain. Là, la méchante reine, aidée de ses quatre sbires Perle, Poupelin, Banane et Orangeat, endort à jamais les enfants, dont les rêves sucrés alimentent le gouffre des cauchemars. Cet étrange trou noir grandit de nuit en nuit, prêt à tout instant à avaler la Terre tout entière...

Asuka et Mari sont envoyées dans l'espace, pour y récupérer un mystérieux tesseract. Mais en pleine mission, elles sont attaquées par les anges de la SEELE. Soudain, les cris d'Asuka, qui se trouve en difficulté, provoquent l'éveil de la créature contenue dans le tesseract... Pendant ce temps, sur Terre, Kaworu Nagisa s'impatiente de faire enfin connaissance avec Shinji Ikari...

Sous l'attaque constante de monstrueuses créatures appelées Ange, qui cherchent à éradiquer l'humanité, l'agence spéciale NERV des Nations Unies, ajoute deux nouveaux pilotes d'EVA pour aider à défendre la ville de Tokyo-3 : la mystérieuse Mari Illustrious Makinami et l'intense Asuka Langley Shikinami. Pendant ce temps, Gendo Ikari et la SEELE avancent en secret sur un projet qui concerne Rei et Shinji.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis ses 3 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…

Compilation de la série sortant simultanément avec Koro-sensei Q. Ce film inclut une histoire inédite se déroulant peu avant les retrouvailles des élèves de la classe, sept ans après qu'ils aient obtenu leurs diplômes. Cette partie se focalise sur Karma et Nagisa.

Yakumo, monarque déchu du Royaume des Ombres arrive sur Terre pour ouvrir les cinq portes. Les éléments sacrés qu'elles enferment lui serviront à faire renaître son univers. Banni après avoir perdu la guerre contre le Royaume des Morts, le temps de la vengeance est enfin arrivé. Yusuke et ses amis, prévenus du danger par Botan, parviendront-ils à contrer les plans de Yakumo ?

« The End of Evangelion » est un film divisé en deux parties (« Love is Destructive » et « One More Final: I need you ») proposant une conclusion alternative à de la série « Neon Genesis Evangelion ». Alors que la NERV, le dernier rempart contre les Anges, est assailli par les militaires qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci contre les neuf EVA. Le monde se prépare à subir le Troisième Impact.

Misato et son groupe anti-NERV, Wille, arrivent à Paris rougie par la core-ization. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement. Ils ont 720 secondes pour remettre la ville sur pied. Une horde de NERV Evas apparaît et l'Unité Eva 8 améliorée de Mari doit l'intercepter. Entretemps, Shinji, Asuka et Rei flânent au Japon.