L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

Le frère de Motokazu part en voyage à l’étranger et demande à son frère de le remplacer au séminaire de l’université ou il est inscrit. Un professeur charge Motokazu d’une mission : faire participer Saraka, une étudiante particulièrement douée, au séminaire. Mais celle-ci s’y refuse. Il décide de rencontrer Saraka chez elle par curiosité. Dès leurs premiers échanges, il est captivé par sa personnalité et lui pose une question » Pourrait-on fabriquer un univers?