Après la Seconde Guerre Mondiale, le Japon se retrouve divisé et occupé par deux forces rivales. Alors que l'Hokkaido est annexé par l'Union, les autres îles sont gouvernées par des forces américaines. Trois amis de la zone américaine, fascinés par une énigmatique tour érigée par l'Union, se sont fait la promesse de construire un avion et de lever le voile sur le mystère entourant la tour. Ce projet échoue lorsque l'un d'eux disparaît....

"Fukushima 50" est basé sur le livre de Ryusho Kadota, intitulé "On the Brink: l'histoire intérieure de Fukushima Daiichi", et raconte les séquelles du grand séisme dans l'est du Japon, du tsunami et des effondrements qui ont suivi à la centrale nucléaire de Fukushima Daiichi. Le film suit les 50 travailleurs courageux - y compris le superviseur de quart Isaki (Koichi Sato) et le surintendant de site Yoshida (Ken Watanabe) - qui ont risqué leur vie et sont restés à l'usine pour empêcher la destruction totale des réacteurs en surchauffe et minimiser les dégâts.

L'histoire débute 4 ans après les événements de Garo -Honoo no Kokuin-. Alors qu'ils entraînent et préparent un futur Makai Knight, León et Alfonso sont convoqués par Garm, qui leur donne pour mission d'éliminer une redoutable Horror qui vole le visage de ses victimes. Dans le même temps, l'enfant dont s'occupaient les deux garçons, Roberto, est kidnappé. En tentant d'arrêter les responsables, León fait la connaissance de Dario, un Makai Knight disparu depuis des années.

Un jeune homme organise l'enlèvement de la femme d'un riche homme d'affaire. Mais rien ne se passe comme prévu, avec une victime un peu trop consentante.