Atteint d'un cancer, Watanabe, chef de service du génie civil, décide de réaliser le projet qu'il avait tout d'abord repoussé : celui d'assainir un terrain vague du quartier de Hureocho pour que les enfants puissent jouer dans un véritable jardin.

Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.

À Yokohama, un malfaiteur kidnappe un enfant, qu'il prend pour le fils d'un industriel japonais. Il s'agit en fait du fils de son chauffeur. Le commissaire Tokura est chargé de l'affaire.

Le samouraï rônin Sanjuro Tsubaki prend sous son aile une bande de jeunes guerriers inexpérimentés et les aide à déjouer un complot contre le chambellan. Jouant de ruse avec les conspirateurs, Sanjuro se révélera un tacticien hors pair, avant de se confronter avec le redoutable Muroto, bras droit du chef des comploteurs.