Une nouvelle rentrée se prépare au lycée Suzuran. Les boss de l’établissement, Genji et Tamao, ont été diplômés. Une bataille s’engage alors entre les nouveaux lycéens pour déterminer qui contrôlera l’établissement...

Shinichi est devenu plus fort et continue, aidé par Miggy, la parasite ayant pris le contrôle de sa main droite, sa traque sans relâche des parasites pour les exterminer et protéger les humains. Tamiya Ryoko le fait suivre par Kuramori, un journaliste freelance, pour observer son évolution, elle-même développant de plus en plus d’humanisme au fur et à mesure qu’elle élève son bébé Cependant la frange dure des parasites, incarnée par le maire Hirakawa et par Goto, s’inquiète des actes de Shinichi et remet en cause la façon de faire de Tamiya.

Depuis des milliers d’années, l’Homme se trouve au sommet de la chaîne alimentaire. Jusqu’à ce jour où de mystérieuses sphères, abritant d’étranges parasites, se répandent un peu partout sur Terre. Rapidement, les entités prennent possession de certains habitants. Nul ne sait d’où elles viennent, mais ce qui semble certain, c’est qu’elles sont là pour débarrasser le monde de l’espèce humaine. Shinichi, jeune lycéen, est un « hôte » dont le cerveau a miraculeusement été épargné : et pour cause, Migi, son parasite, a pris possession de son bras droit ! Ce cas exceptionnel va déboucher sur une singulière cohabitation. Car au-delà de la fusion physique opérée entre Migi et Shinichi, qui partagent désormais le même corps et la même vie, va se développer un lien d’attachement particulier.

Un ex-détective devenu professeur en criminologie s’installe avec son épouse dans un nouveau quartier, à la recherche d’une vie tranquille. Alors qu’on lui demande de participer à une enquête à propos de disparitions, sa femme fait la connaissance de leurs étranges voisins.

Lorsque son premier grand amour disparaît du jour au lendemain, Asako est abasourdie et quitte Osaka pour changer de vie. Deux ans plus tard à Tokyo, elle tombe de nouveau amoureuse et s’apprête à se marier... à un homme qui ressemble trait pour trait à son premier amant évanoui.