Cloud Strife, ex‐soldat, décide de s’isoler de ses anciens compagnons pour lutter contre les souvenirs de son passé, seul. Cependant, quand il se fait attaquer par le gang de Kadaj, Loz, et Yazoo, qui recherchent leur « Mère » pour commencer leur « Réunion », Cloud va devoir plus que jamais affronter les souvenirs qui le tourmentent.

En pleine époque Shoguns, un seigneur abuse de son autorité et de sa force pour contraindre le peuple à assouvir ses envies. 13 hommes se réunissent pour former un groupe de 13 assassins, afin de mettre un terme aux méfaits du seigneur des terres. C’est ainsi que ces hommes, emplis d’abnégation, se préparent à livrer une bataille de 1 pour 1000, au nom de la justice et de la liberté…

1945 : Après sa défaite, le peuple japonais vit dans la crainte des forces américaines. Au nord du pays, dans la minuscule île de Shikotan, la vie s'organise entre la reconstruction et la peur de l'invasion. Ce petit lot de terre, éloigné de tout, va finalement être annexé par l'armée russe. Commence alors une étrange cohabitation entre les familles des soldats soviétiques et les habitants de l'île que tout oppose, mais l'espoir renaît à travers l'innocence de deux enfants, Tanya et Jumpei...

Akané est une jeune fille rêveuse. La veille de son anniversaire, elle se rend chez sa tante antiquaire pour récupérer son cadeau. Dans l’étrange bric-à-brac de la boutique, elle pose sa main sur une pierre magique. S’ouvre soudain un passage secret d’où surgit Hippocrate, un alchimiste venu d’un autre monde. Il veut convaincre Akané qu’elle est la Déesse du vent vert dont parle la légende et qu’elle seule peut éviter la terrible sécheresse qui menace son royaume. Accompagnées par l’alchimiste et son disciple Pippo, Akané et sa tante s’engagent dans un voyage fantastique pour sauver Wonderland.

Après qu'une expérience scientifique ait conduit à la création d'un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques de Mewtwo...