Grâce à une technologie révolutionnaire qui révèle la mémoire génétique, Callum Lynch revit les aventures de son ancêtre, Aguilar, dans l'Espagne du XVème siècle. Callum découvre qu'il est issu d'une mystérieuse société secrète, les Assassins, et amasse les connaissances dont il aura besoin pour affronter une autre redoutable organisation : l'Ordre des templiers.