L'histoire d'un jeune chercheur qui se voit confier un groupe de malades chroniques atteints de troubles psychiques profonds, derniers rescapés d'une épidémie d’encéphalite. Il va peu a peu les ramener à la vie grâce à un nouveau remède et s'occupe plus particulièrement de l'un d'entre eux, Leonard Lowe.

Une évocation de la vie de Malcolm X, leader du mouvement noir américain Nation of Islam : son enfance difficile à Omaha, son séjour en prison où il apprend à cultiver la fierté de sa race, son entrée dans l'organisation d'inspiration islamiste, son mariage avec l'infirmière Betty Shabazz, son pèlerinage à la Mecque et son assassinat le 21 février 1965 au cours d'un meeting

Texas, 1963. La cavale d'un dangereux voleur récidiviste et de son otage, un jeune témoin de Jehovah qui, le temps de cette folle equipée, va devenir son ami.

La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice...

Ancien enfant-star, Michael Chapman dirige maintenant une agence spécialisée dans la recherche de jeunes talents. Il pense avoir trouvé la perle rare en la personne d'un jeune pickpocket.