Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l’origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l’utilise pour muter et décupler ses forces…

Nous retrouvons les fameuses tortues dans la province de Shingu dans le japon du XVIIᵉ siècle où, grâce à un sceptre magique, de nouvelles aventures à travers le temps les attendent.