Asuka et Mari sont envoyées dans l'espace, pour y récupérer un mystérieux tesseract. Mais en pleine mission, elles sont attaquées par les anges de la SEELE. Soudain, les cris d'Asuka, qui se trouve en difficulté, provoquent l'éveil de la créature contenue dans le tesseract... Pendant ce temps, sur Terre, Kaworu Nagisa s'impatiente de faire enfin connaissance avec Shinji Ikari...
Kurapika est devenu un Hunter pour se venger de la Brigade Fantôme, une organisation à l’origine du massacre de son clan. En effet, les yeux des membres du clan Kurta deviennent écarlates lors de fortes émotions et se vendent extrêmement chers au marché noir. Malgré l’intervention de Gon, Killua et Leorio, Kurapika se fait voler ses yeux. Ainsi commence le combat contre la Brigade Fantôme et la véritable identité du N°4.
Autrefois, les Hunters ont été divisés en deux groupes. Un côté Lumière et un côté Ténèbres. Chacun emprunta une voie différente. Plusieurs années plus tard, le côté des Ténèbres ressurgit et attaque Kirua et Kurapika. Ils ont la ferme intention d'exterminer tous les Hunters encore en activité. Ce groupe est mené par un certain Jed, un individu qui semble étroitement lié à Netero, le président de l'association des Hunters. Ainsi commence une véritable guerre opposant les Hunters à leur côté sombre...
Dans le Royaume des Diamants souterrain, où de nombreux Strassie vivent, le Pokémon fabuleux Diancie en est le chef. Le Cœur de Diamant qui assure la pérennité du royaume s'éteint peu à peu et Diancie n'est pas encore suffisamment forte pour en créer un nouveau. Alors qu'elle recherche l'aide du Pokémon légendaire Xerneas, Diancie rencontre un groupe de voleurs voulant s'approprier sa capacité à créer des diamants et qui, par la même occasion, réveillent le Pokémon légendaire Yveltal et le tirent de son cocon ! Sacha et ses amis vont-ils parvenir à aider Diancie à découvrir son vrai pouvoir, arrêter la rage destructive d'Yveltal et sauver le Royaume des Diamants ?
Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?
Enmu, la première Lune Inférieure, a été chargé de tuer Kamado Tanjirô pour devenir une Lune Supérieure et avoir plus sang de Muzan. Pendant ce temps, Tanjirô, Zen'itsu et Inosuke décident d'acheter des billets pour monter à bord du train de l'infini et ainsi rejoindre Rengoku Kyôjurô, le Pilier de la flamme, dans l'espoir d'en apprendre davantage sur la danse du dieu du feu.
Misato et son groupe anti-NERV, Wille, arrivent à Paris rougie par la core-ization. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement. Ils ont 720 secondes pour remettre la ville sur pied. Une horde de NERV Evas apparaît et l'Unité Eva 8 améliorée de Mari doit l'intercepter. Entretemps, Shinji, Asuka et Rei flânent au Japon.