Chihiro, 10 ans, a tout d’une petite fille capricieuse. Elle s’apprête à emménager avec ses parents dans une nouvelle demeure. Sur la route, la petite famille se retrouve face à un immense bâtiment rouge au centre duquel s’ouvre un long tunnel. De l’autre côté du passage se dresse une ville fantôme. Les parents découvrent dans un restaurant désert de nombreux mets succulents et ne tardent pas à se jeter dessus. Ils se retrouvent alors transformés en cochons. Prise de panique, Chihiro s’enfuit et se dématérialise progressivement. L’énigmatique Haku se charge de lui expliquer le fonctionnement de l’univers dans lequel elle vient de pénétrer. Pour sauver ses parents, la fillette va devoir faire face à la terrible sorcière Yubaba, qui arbore les traits d’une harpie méphistophélique.

Lorsqu’une épidémie de grippe canine envahit la ville japonaise de Megasaki et menace de contaminer les hommes, le maire ordonne la mise en quarantaine de tous les chiens. L’île poubelle devient : l’Île aux Chiens. Un jeune garçon de 12 ans, Atari, se rend sur place à la recherche de son chien perdu, Spots. C’est alors qu’il fait la découverte, à l’aide d’une meute de cinq chiens, d’une conspiration qui menace la ville.

Jeanne part pour le Japon, à la recherche d'une plante médicinale rare. Lors de ce voyage, elle fait la connaissance de Tomo, un garde forestier, qui l’accompagne dans sa quête et la guide sur les traces de son passé. Il y a 20 ans, dans la forêt de Yoshino, Jeanne a vécu son premier amour.