Dans le Japon du XVIème siècle, le seigneur Hidetora Ichimonji décide de se retirer et de partager son domaine entre ses trois fils, Taro, Jiro et Saburo. Mais la répartition de cet héritage va déchirer la famille.

Inspiré par le fameux concepteur d'avions Giovanni Caproni, Jiro rêve de voler et de dessiner de magnifiques avions. Mais sa mauvaise vue l'empêche de devenir pilote, et il se fait engager dans le département aéronautique d'une importante entreprise d'ingénierie en 1927. Son génie l'impose rapidement comme l'un des plus grands ingénieurs du monde. Le Vent se lève raconte une grande partie de sa vie et dépeint les événements historiques clés qui ont profondément influencé le cours de son existence, dont le séisme de Kanto en 1923, la Grande Dépression, l'épidémie de tuberculose et l'entrée en guerre du Japon. Jiro connaîtra l'amour avec Nahoko et l'amitié avec son collègue Honjo. Inventeur extraordinaire, il fera entrer l'aviation dans une ère nouvelle.

Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.