Gin est un alcoolique, Hana un travesti et Miyuki, une ado rebelle. Les trois SDF héritent dans la nuit de Noël d'un étrange fardeau qui les entraîne dans une aventure des plus rocambolesque. "Tokyo Godfathers" nous emmène dans une quête turbulente et pleine d'action dans les bas-fonds d'un monde interlope.

Katô Marika, étudiante de troisième année à l'Académie pour filles de Hakuho, est une pirate de l'espace légitime dotée d'une Lettre de Marque. Entre ses études, son club le "yacht de l'espace", son travail à mi-temps au café, et le fait d'être le capitaine du vaisseau pirate Bentenmaru, les jours de Marika sont très occupés.Un jour, Marika décroche un travail où elle et son équipe doivent piller un vaisseau de luxe, elle découvre grâce à la liste des passagers qu'un garçon nommé Kanata Mugen est sur le vaisseau, cet étrange garçon possède un "passe de la galaxie". Ainsi, une course dans l'hyperespace entre les pirates et le jeune garçon commence.

Bienvenue dans l’ancien Disboard où les 10 règles du jeu n’existaient pas encore. La guerre consume le monde, scinde les paradis, détruit les étoiles et menace même la race humaine. Au milieu de ce chaos, un jeune homme du nom de Riku essaye de mener l’humanité vers un lendemain auquel il croit fermement. Un jour, dans les ruines d’une cité Elfique, il trouve Schwi, une androïde « ex-machina » qui souhaite comprendre le cœur des Hommes. Leur rencontre va changer le cours de l’histoire…

Quand des pingouins apparaissent partout dans sa petite ville, semant au passage une joyeuse pagaille, le jeune Aoyama se dit qu’il y a là une enquête à mener. Ce studieux élève de CM1, accompagné de son meilleur ami, enrôle également sa rivale aux échecs et une énigmatique assistante dentaire pour percer le secret des pingouins. Mais ces petites bêtes ne sont que le premier signe d’une série d’événements extraordinaires. Commence alors pour le jeune garçon une aventure pleine de surprises… et de pingouins !

Le parti de Kazuma est soudainement alerté par une lettre scandaleuse livrée par Yunyun. La lettre leur demandait de venir au village du Crimson Demon Clan. Le groupe se présente et des problèmes surgissent lorsqu'un général ennemi arrive !