Avant de remiser définitivement sa machine infernale, Wayne ne peut s'empêcher de la revoir une dernière fois et la catastrophe se produit : il s'est rétréci ainsi que son frère et leurs épouses. Une grande panique s'ensuit et les parents lilliputiens s'évertuent d'attirer l'attention des enfants.

Au coeur de la forêt amazonienne apparait une nouvelle espèce d'abeille. D'authentiques tueuses, résultat d'une mutation provoquée par l'expérimentation d'une arme biologique. Un danger pour la région, un danger pour le monde. Surtout lorsqu'un scientifique américain entreprend de transporter discrètement de nombreux spécimens dans la soute à bagages d'un avion que l'essaim exterminateur ne tarde pas à envahir...

La Schtroumpfette, le Schtroumpf costaud, le Schtroumpf à lunettes et le Schtroumpf maladroit ont filé en douce pour suivre une carte vers un mystérieux village. Mais le chemin qui y mène regorge d'embuches, de créatures magiques et de souterrains labyrinthiques. Il leur faudra par ailleurs redoubler de prudence puisque Gargamel n'est pas loin et compte bien les arrêter.