L'action de 747 en péril se situe à bord d’un avion de type Boeing 747 de la compagnie fictive Columbia Airlines entre Washington et Los Angeles. Afin d'éviter l'épaisse nappe de brouillard qui recouvre Los Angeles, le commandant Stacy reçoit l'ordre d'atterrir à Salt Lake City. Lors de la descente vers l’aéroport, une collision avec un petit avion de tourisme dont le pilote vient de mourir d'une crise cardiaque, éjecte le copilote et tue le mécanicien navigant se trouvant dans le poste de pilotage du Boeing 747. Seul survivant, le commandant Stacy gravement blessé et incapable de se maintenir aux commandes.
Un groupe d'aliens déguisés en humains reviennent sur Terre pour reprendre des cocons de leur espèce (de la planète Antarea) qu'ils avaient laissés lors d'un précédent voyage. Une fois qu'ils ont récupéré les cocons, ils les conservent dans la piscine d'une maison qu'ils ont louée dans une petite ville de Floride. Ils sont génés dans leur entreprise par quelques personnes âgées, pensionnaires d'une maison de retraite située non loin de la maison. Ces dernières se sont secrètement baignées dans la piscine et ont découvert les pouvoirs extraordinaires des cocons...
En 2029, un groupe d'astronautes entraîne sur la station orbitale Oberon des singes pour remplacer l'homme dans des explorations spatiales à haut risque. Suite à la réception d'étranges signaux, les astronautes envoient le chimpanzé Pericles afin d'en connaître l'origine. Toutes les communications entre le primate et la station sont subitement interrompues et le vaisseau disparaît des radars. Désobéissant à ses supérieurs, Leo Davidson embarque dans un des vaisseaux expérimentaux pour aller porter secours à Pericles. Tout comme lui, il perd le contrôle des commandes et s'écrase dans les marais d'une forêt tropicale. L'intrépide pilote voit alors un groupe d'humains affolés foncer droit sur lui, et se fait capturer par des chimpanzés parlants. Qu'est-il arrivé sur cette planète pour que des singes en viennent à dominer la race humaine ?