Lors de la deuxième invasion mandchoue de la Corée, 500 000 civils sont faits prisonniers. Au beau milieu de combats acharnés, se bat un archer coréen entré dans la légende mais dont les historiens ont oublié le nom. Ceci est son histoire…

Doomsday Book nous présente trois récits ayant pour thème commun la fin de l'Humanité. En premier, « A Brave New World » nous plonge au cœur d'une épidémie décuplant l'agressivité et la libido des infectés, qui prennent graduellement l'apparence de zombies. Il sera suivi de « The Heavenly Creature » où le guide robotisé d’un temple serait peut-être la dernière réincarnation de Buddha. Et enfin, « Happy Birthday », où une fillette commande une boule de billard sur le Web pour remplacer celle qu'elle a brisée. Deux ans plus tard, sa famille et elle se préparent à l'arrivée d'un météore se déplaçant à une vitesse foudroyante en direction de la Terre.

Près d’une grande métropole, la police découvre, entassés dans un container, des dizaines de corps putréfiés victimes d’un mal mystérieux. Au même moment, un passeur de clandestins, atteint d’un virus inconnu, décède à l’hôpital. Quelques heures plus tard, les urgences de la ville croulent sous l’afflux des malades. le chaos s’installe. Afin d’enrayer la propagation du virus, les autorités imposent une mise en quarantaine. Tous les habitants sont confinés en zone de sécurité. La tension monte. Certains vont risquer leur vie pour sauver leurs proches, d’autres vont risquer celle des autres pour sauver la leur. Pendant ce temps, un survivant du container court dans la ville…

A la fin du XVIème siècle, le Royaume de Joseon est sous la menace d’une invasion japonaise. La dynastie s’en remet à l’Amiral Yi, commandant de la flotte royale, qui n’a plus à sa disposition qu’une douzaine de navires pour défendre le royaume contre une flotte japonaise qui en compte plus de 300. La bataille de Myeong-Ryang se prépare.

Peu de temps après la Guerre de Corée, un père et son fils errent dans le pays et font un arrêt dans un village reculé, où des événements étranges arrivent.

Yong-hu, champion du monde d'art martiaux qui ne croit en aucun Dieu, seulement lui-même, développe soudainement des stigmates sur ses paumes. En visitant une église dans l'espoir de guérir les stigmates, il finit par sauver le père AHN, qui tombe en danger alors qu'il exécute un exorcisme. De cette manière, il apprend le pouvoir des stigmates. Alors que le temps passe, Yong-hu accepte son nouvel appel et commence à sauver les gens possédés par les démons, mais il doit ensuite se préparer à une confrontation finale...