Mickey et Mallory Knox, un jeune couple, décident de s’embarquer dans une virée sanglante, tuant les gens qu’ils rencontrent sur leur route, eux qui ont été victimes de mauvais traitements de la part de leurs parents respectifs. Leur déchéance à travers les États-Unis est détaillée dans les médias.
A Bucks County, en Pennsylvanie. Après la perte de sa femme, Graham Hess a rendu sa charge de pasteur. Tout en s'occupant de sa ferme, il tente d'élever de son mieux ses deux enfants, Morgan et Bo. Son jeune frère Merrill, une ancienne gloire du base-ball, est revenu vivre avec lui pour l'aider. Un matin, la petite famille découvre l'apparition dans ses champs de gigantesques signes et cercles étranges. Des extra-terrestres seraient-ils à l'origine de tels phénomènes surnaturels ? Graham et Merrill vont s'efforcer de percer le mystère qui entoure ces dessins.
En 15 ans de carrière chez les Men In Black, l’agent J a vu beaucoup de phénomènes inexplicables… Mais rien, pas même le plus étrange des aliens, ne le laisse aussi perplexe que son partenaire, le sarcastique K. Lorsque la vie de K et le destin de la Terre sont menacés, l’agent J décide de remonter le temps pour remettre les choses en ordre. Il va alors découvrir qu’il existe certains secrets de l’univers que K ne lui a jamais révélés. Il est cette fois obligé de faire équipe avec l’agent K, plus jeune, pour sauver la vie de son partenaire, l’agence, et l’avenir même de l’humanité…