Dans un pays où l'oppression règne, un beau samuraï assassin et une insurrectioniste tombent amoureux. Chacun a un lourd passé...

Une mystérieuse organisation du nom de Panther Claw enlève des jeunes filles à travers tout le Japon afin de puiser leur énergie et ainsi rendre jeunesse et beauté à son chef Sister Jill. La police se montre impuissante et seule une jeune fille semble à même de les arrêter. Grâce à l'invention de son père, l'I-System, elle peut se transformer en qui elle veut. Tour à tour employée de bureau, pilote de moto, musicien de rue ou officier de police, elle s'ingénie à déjouer les plans de Panther Claw. Son nom ? La guerrière de l'amour… Cutie Honey !

Dans une réalité uchronique, la Seconde Guerre Mondiale n'a jamais eu lieu, mais la crise économique aura creusé les différences sociales au Japon. Dans un état régi par les riches prolétaires, un mystérieux voleur masqué se joue des puissantes forces de la loi en enchaînant les vols les plus audacieux. Dans le camp des pauvres, le talentueux artiste de cirque Heikichi Endo est approché par un journaliste pour lui servir de paparazzi pour tenter de voler des clichés au prochain mariage en huis-clos entre le chef de la police et une riche héritière. Trop tard, le jeune homme se rend-il compte, qu'il est la victime d'un mystérieux complot le visant à endosser l'habit du mystérieux voleur K-20…Après avoir été secouru par les siens, il tente de faire tout l'éclairage sur l'affaire en se transformant lui-même en justicier…

Au Japon, le lieutenant colonel Yuki recommande la création d'une école d'entraînement pour les espions, que l'on appellera "D Kikan". Kato, après avoir refusé de suivre l'ordre d'un supérieur, doit faire face à sa punition. Il est ainsi envoyé dans l'école "D Kikan", où il reçoit un dur entraînement. Puis, enfin, il doit accomplir sa première mission en tant qu'espion : récupérer des documents confidentiels nommés "Black Note", appartenant à l'ambassadeur américain Graham. Kato s'infiltre. Une bataille commence alors entre Kato, une mystérieuse femme nommée Rin, les espions britanniques, les espions soviétiques, et l'armée radicale japonaise.

Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.

Le gouvernement japonais met en place une équipe spéciale pour combattre les créatures géantes qui apparaissent soudainement dans le pays. Bientôt, l'équipe rencontre de manière inattendue un humanoïde géant argenté qui commence à apparaître chaque fois qu'un monstre de l'espace attaque !