Une procession officielle tourne au carnage lorsque les gardes de l'escorte tentent de tuer un jeune garçon d'origine chinoise qui a eu le malheur de se trouver sur leur route. Sa famille, qui vole à son secours, est massacrée mais les agresseurs sont à leur tour décimés par un étrange bretteur manchot, Wang Kang (Jimmy Wang Yu), venu à la rescousse de ses compatriotes. L'enfant arrive à s'enfuir et est recueilli par Zatoichi qui finit par croiser la route de Wang. Mais ils sont poursuivis par les hommes du gouvernement et des yakuzas à leur solde, qui veulent faire disparaître les derniers témoins du drame tout en accusant Wang du massacre. Ce dernier se méfie de tout le monde, y compris de Zatoichi dont il ne comprend pas la langue. Ces deux justiciers devront-ils finalement s'affronter ?

Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence...

Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…

Sur la route, le Loup à l'enfant est provoqué en duel à cinq reprises par les meilleurs guerriers du fief Kuroda, chargés de vérifier son invincibilité avant de lui confier une mission cruciale : tuer le moine Jikei qui s'apprête à trahir leur suzerain en remettant au clan Yagyû un document compromettant : Kuroda, amoureux fou de sa concubine et manipulé par elle, a en effet signé un décret interne faisant de leur fille son héritière, au détriment de son fils légitime. Ogami accepte le travail et part à la recherche du moine. Mais le clan Yagyû est prêt à tout pour récupérer le document qui lui permettra, au nom du Shôgun, de démanteler le fief Kuroda et de récupérer ses territoires.