L'homme d'affaires Iwabuchi est sur le point de marier sa fille à son secrétaire. Alors que la cérémonie est toute proche, il se retrouve mêlé à une sombre affaire de pots de vin au sein même de sa société. Miura, l'un des membres de la firme, est accusé par la police et se suicide. Quant à Wada, également pointé du doigt par les forces de l'ordre, il a été kidnappé par Nishi, le gendre d'Iwabuchi, qui demande la vérité sur le suicide de son père...

Basé sur des faits réels, le film raconte la lutte pour l'hégémonie d'un nouveau gang reconstitué sur les ruines de l'après-guerre dans la région d'Hiroshima.

Dans le monde des yakuzas, le code de l'honneur a disparu pour faire place à la loi du plus fort.

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...

A l'aube de la Restauration de l'empereur Meiji, un samouraï de basse caste, Munezo Katagiri, secrètement amoureux de la servante Kie, se trouve pris dans les luttes politiques entre clans. On lui ordonne de tuer son ancien ami Hazama, condamné à la suite d'un complot qui a ébranlé le clan. Il est écartelé entre son devoir, son amour impossible pour Kie, d'une caste inférieure, et la fidélité à son compagnon de sabre...

Le samouraï rônin Sanjuro Tsubaki prend sous son aile une bande de jeunes guerriers inexpérimentés et les aide à déjouer un complot contre le chambellan. Jouant de ruse avec les conspirateurs, Sanjuro se révélera un tacticien hors pair, avant de se confronter avec le redoutable Muroto, bras droit du chef des comploteurs.