Haru est une jeune lycéenne de 17 ans pleine de doutes qui ne trouve pas sa place au milieu des autres. Sa vie bascule le jour où, sur le chemin du retour du lycée avec sa meilleure amie Hiromi, elle sauve la vie d'un chat qui manque d'être écrasé par un camion. Mais il ne s'agit pas de n'importe quel chat, car celui-ci parle et se présente comme Loon, le prince du Royaume des chats...

La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel.