En une journée, la petite ville de Silverton est dévastée par une multitude de tornades sans précédent. Les habitants sont désormais à la merci de ces cyclones ravageurs et meurtriers, alors même que les météorologues annoncent que le pire est à venir… Tandis que la plupart des gens cherchent un abri, d’autres se risquent à se rapprocher de l’œil du cyclone pour tenter d’immortaliser en photos cet événement exceptionnel.

Tout baigne à Bikini Bottom pour Bob l’éponge, l’éternel optimiste et ses amis: Patrick l’étoile de mer fidèle, Carlo le calamar égoïste, Sandy l’écureuil et Monsieur Krabs, le crustacé obsédé par l’argent! Cependant tout bascule quand la recette du pâté de crabe est volée par le diabolique pirate Steak Barbare (et les mouettes qui ne le quittent jamais…) ! Pour sauver leur monde, Bob et ses amis vont unir leurs forces (avec l’aide de Plankton, l’ennemi de toujours !) et débarquer dans le nôtre ! Transformés en super-héros, ils vont apprendre à maîtriser leurs super-pouvoirs, mais … ça va faire des vagues !