Dans un futur ravagé et dominé par les humanoïdes, deux hommes vont se rencontrer et changer à tout jamais le destin de l'univers. Le premier, c'est Albator, le commandant d'un vaisseau-cargo. Il s'efforce de garder son indépendance dans le conflit qui oppose la Terre et le reste de l'univers aux Humanoïdes. Le second, c'est Alfred, un ingénieur-mécanicien. Il a construit secrètement un vaisseau de guerre, l'Atlantis, et recherche l'homme qui pourra le piloter…

Il y a cinquante ans de cela, deux inventeurs avaient fabriqué, au Pôle Nord, une base secrète indestructible. Un jour qu'ils étaient seuls dans leur maison, un câble électrique toucha Willow et le tua. Son ami, Cachan, lui préleva son cerveau. Il le plaça dans un robot en attendant de trouver un corps plus puissant qui puisse recevoir son cerveau. A la suite d'un tremblement de terre, la base fut engloutie sous les glaces. Durant les années qui suivirent, Cachan chercha un moyen de libérer son ami. Un jour il apprit l'existence des Boules de Cristal. Il partit donc à leur recherche et finit par les trouver. Il demanda à Shéron de libérer sa base. Willow envoya alors 3 mercenaires sur l'Île de Tortue Géniale pour l'enlever, persuadé qu'il s'agissait de l'homme le plus puissant du monde. Il le fit ramener dans sa base pour lui subtiliser son corps.