Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

Dans moins d’un an, le Japon va couler à cause d’une collision de plaques tectoniques. Aujourd’hui le pays est déjà ravagé par des tremblements de terre, tsunami et éruptions volcaniques. Dans cette course contre la montre, beaucoup sont morts et les autres restent bloqués sur l’île. Un seul homme, un pilote de sous‐marin, peut changer le cours de l’histoire: tout l’espoir d’une nation en dépend. Il devra faire le sacrifice ultime pour son pays et la femme qu’il aime. Un film au réalisme à couper le souffle sur une catastrophe naturelle de force maximale.