Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!

Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander.

Au crépuscule du 19e siècle, le Japon est traversé par une crise majeure qui signera la fin de l'époque d'Edo, l'ouverture du pays et le début de l'époque moderne. Les clans Satsuma et Chôshû s'allient pour renverser le shogunat des Tokugawa, au pouvoir depuis deux siècles, et aspirent à rétablir le régime impérial. Sur fond de luttes intestines, le Shinsengumi, un groupe de samouraïs resté loyal au shogun, se prépare à une guerre qui semble inévitable…

La classe 1-A de U.A. a été envoyée sur l’île isolée de Nabu dans le cadre d’un programme de sécurité, ce qui équivaut à des actes mineurs de la part des étudiants, car l’île est pratiquement exempte de criminalité. Izuku Midoriya, titulaire du One for All, un pouvoir d’une immense puissance héritée, rencontre Mahoro Shimano et son frère Katsuma, résidents de l’île. S’unissant à eux avec son rival Katsuki Bakugo, ils découvrent que Katsuma souhaite devenir un héros, mais Mahoro cherche à le dissuader, estimant que son Alter n’est pas adapté à une ligne de travail dangereuse.Pendant ce temps, le père de Mahoro et Katsuma, qui possède un Alter curatif appelé Cell Activation, est attaqué par Nine et son groupe.

Rikka Isurugi est la descendante d'un clan de ninjas dont l'origine se perd dans l'Histoire. Entrainée par son grand-père depuis le plus jeune âge, elle souhaite néanmoins suivre les traces de son père, un brillant scientifique. Le jour de ses seize ans, alors qu'elle rentre chez elle, Rikka découvre que ses proches ont été attaqués par une société très en vue, à laquelle appartenait autrefois son père : Gradsheim. Les ordres du commando sont simples : éliminer les membres de la famille et voler le fruit des recherches de son père. Miraculeusement, Rikka s'échappe grâce aux drones programmés par son père. Elle prend alors l'identité de Black Fox afin de traquer les responsables du massacre.