L'homme d'affaires Iwabuchi est sur le point de marier sa fille à son secrétaire. Alors que la cérémonie est toute proche, il se retrouve mêlé à une sombre affaire de pots de vin au sein même de sa société. Miura, l'un des membres de la firme, est accusé par la police et se suicide. Quant à Wada, également pointé du doigt par les forces de l'ordre, il a été kidnappé par Nishi, le gendre d'Iwabuchi, qui demande la vérité sur le suicide de son père...

À Yokohama, un malfaiteur kidnappe un enfant, qu'il prend pour le fils d'un industriel japonais. Il s'agit en fait du fils de son chauffeur. Le commissaire Tokura est chargé de l'affaire.

Une mère privée de sa famille, humiliée, violée puis emprisonnée donne naissance à une fille durant sa captivité, Yuki. Cette dernière sera élevée pour devenir un instrument de vengeance redoutable.

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...

À la fin de l’ère Edo, un samouraï, Sanjuro, arrive dans un village écartelé entre deux bandes rivales, menées d’un côté par le bouilleur de saké, de l’autre par le courtier en soie. Les deux bandes veulent s’adjoindre les services de Sanjuro…