Au XXIe siècle, une guerre nucléaire a transformé la plus grande partie de la surface de la Terre en désert, ce qui a également entraîné la contamination de l'approvisionnement en eau de la Terre. Un homme du nom de Sanga a construit le havre fortifié de la "Dernière Terre", où il gouverne comme son dictateur en monopolisant l'approvisionnement en eau non contaminée de la ville. Lorsqu'il apprend que les habitants du Freedom Village voisin essaient de creuser un puits pour le leur, Sanga envoie ses sous-fifres saboter leurs efforts. Kenshiro, maître de Hokuto Shinken, est impliqué dans le conflit entre les deux régions après avoir sauvé Tobi, un informateur embauché par Freedom Village.

An 0079 du Calendrier Universel. Le White poursuit son périple à travers le globe, avec à ses trousses, les troupes d'élites et les commandos des Forces de Zeon. Pour Amuro et ses amis, c'est l'entrée de plein pied dans la guerre, avec ses horreurs et ses dures réalités. La fin de leur périple signifiera-t-elle pour eux la délivrance ou le début d'un voyage plus effrayant encore ?