En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs Shinobis du pays. Malheureusement, ils sont aussi ennemis depuis plusieurs siècles. Malgré tout, l'amour naît parmi la haine des combattants de ces villages. Oboro, du clan Iga, et Gennosuke, du clan Koga, se sont rencontrés, et aimeraient ne plus se séparer. Mais pour cela il leur faut trouver le moyen d'unifier leurs clans. C'est sans compter sur l'espoir du premier Shogun : afin de pacifier la région il organise un combat à mort entre les cinq meilleurs Shinobis des deux clans. Oboro et Gennosuke en sont les chefs. Les deux amoureux devront choisir.

Dans une lutte impitoyable pour le pouvoir, plusieurs clans yakuza se disputent la bienveillance du Parrain. Les caïds montent dans l'organisation à coups de complots et de fausses allégeances. Otomo, yakuza de longue date, a vu évoluer ses pairs : des tatouages élaborés et des phalanges sectionnées, ils sont passés à la haute finance. Leur combat pour arriver au sommet, ou du moins pour survivre, est sans fin dans un monde corrompu où règnent trahison et vengeance. Un monde où les héros n'existent pas...

Après avoir vécu dans un camp de prisonniers au Japon durant la Seconde Guerre Mondiale, un Américain décide de rester au pays du Soleil Levant. Il y apprend divers rituels et autres épreuves avant de devenir l'un des rares étrangers à être intégré chez les Yakusas.

Il y a 35 ans, un massacre est commis dans un paisible hôtel de tourisme... Pris d'une crise de folie, un professeur d'université se livre à un véritable carnage, faisant 11 victimes parmi les clients et le personnel de l'hôtel et assassinant toute sa famille, tout en enregistrant ses meurtres à l'aide d'une caméra vidéo. Aujourd'hui, le réalisateur Matsumura s'apprête à porter ce fait-divers à l'écran sous le titre Réminiscence. Il choisit la jeune actrice Nagisa Sugiura pour en tenir le rôle principal. Alors que le tournage approche, Nagisa est la proie de rêves atroces et d'hallucinations morbides. C'est alors que Matsumura annonce à son équipe son intention de tourner son film sur les lieux mêmes du massacre...

Une mystérieuse créature détruit 70 % de la Lune. La créature prévient alors que si elle n'est pas détruite avant le mois de mars de l'année prochaine, il détruira la Terre. La créature exige aussi de devenir le professeur principal pour la 3e classe E à Kunugigaoka Junior High School. Le gouvernement ne peut refuser. La créature devient alors le professeur principal de la classe qui se compose d'étudiants ayant échoué, y compris Nagisa Shiota. La créature est appelée Teacher Koro. Pendant ce temps, le gouvernement demande aux étudiants de tuer le Maître Koro qui a promis de ne pas leur faire de mal.