Dans une province rurale du nord du Japon, à Yamagata, où Daigo Kobayashi retourne avec son épouse, après l'éclatement de l'orchestre dans lequel il jouait depuis des années à Tokyo. Daigo répond à une annonce pour un emploi "d'aide aux départs", imaginant avoir affaire à une agence de voyages. L'ancien violoncelliste s'aperçoit qu'il s'agit en réalité d'une entreprise de pompes funèbres, mais accepte l'emploi par nécessité financière. Plongé dans ce monde peu connu, il va découvrir les rites funéraires, tout en cachant à sa femme sa nouvelle activité, en grande partie taboue au Japon.

Tokyo. Une poupée d’air habite l’appartement sordide d’un homme d’une quarantaine d’années. Elle ne peut ni parler, ni bouger, mais elle est la seule compagne de son propriétaire. Il lui parle, prend son bain avec elle, et lui fait l’amour chaque soir, en rentrant du travail. Mais un jour, le fantasme devient réalité : la poupée prend vie et développe des sentiments humains. Comme un nouveau-né, elle découvre un monde inconnu qu’elle aspire à découvrir.

Shinichi est devenu plus fort et continue, aidé par Miggy, la parasite ayant pris le contrôle de sa main droite, sa traque sans relâche des parasites pour les exterminer et protéger les humains. Tamiya Ryoko le fait suivre par Kuramori, un journaliste freelance, pour observer son évolution, elle-même développant de plus en plus d’humanisme au fur et à mesure qu’elle élève son bébé Cependant la frange dure des parasites, incarnée par le maire Hirakawa et par Goto, s’inquiète des actes de Shinichi et remet en cause la façon de faire de Tamiya.

Depuis des milliers d’années, l’Homme se trouve au sommet de la chaîne alimentaire. Jusqu’à ce jour où de mystérieuses sphères, abritant d’étranges parasites, se répandent un peu partout sur Terre. Rapidement, les entités prennent possession de certains habitants. Nul ne sait d’où elles viennent, mais ce qui semble certain, c’est qu’elles sont là pour débarrasser le monde de l’espèce humaine. Shinichi, jeune lycéen, est un « hôte » dont le cerveau a miraculeusement été épargné : et pour cause, Migi, son parasite, a pris possession de son bras droit ! Ce cas exceptionnel va déboucher sur une singulière cohabitation. Car au-delà de la fusion physique opérée entre Migi et Shinichi, qui partagent désormais le même corps et la même vie, va se développer un lien d’attachement particulier.

Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.