Durant la Deuxième Guerre mondiale. Doyle, le commandant d'un sous-marin américain, pourchasse un destroyer japonais. La femme et le l'enfant de Doyle sont prisonniers du bâtiment nippon, où ils servent de bouclier humain contre les attaques du sous-marin.

Mark Rutland sait qu'à chaque nouvel emploi Marnie Edgar déleste ses employeurs. Intrigué par son comportement et attiré par sa fascinante beauté, il l'engage tout de même comme secrétaire-comptable dans sa maison d'édition. Un jour, la jeune femme s'enfuit avec la caisse. Mark s'aperçoit du vol et donne le choix à Marnie entre le mariage ou la dénonciation à la police.

À Crystal Lake, Jason qu'on croit mort s'échappe de la morgue. Une famille s'installe dans leur maison de vacances, les enfants Trish et Tommy font connaissance avec Rob, un campeur. Or, Rob raconte à Trish qu'il est là pour venger sa sœur que Jason avait tuée, car il sait que Jason est revenu à Crystal Lake...

C'est l'histoire de deux apnéistes, Jacques Mayol et Enzo Molinari. Leur aventure commence dans les îles grecques dès les années 50. Gamins, les deux plongeurs se disputent déjà tous les records des profondeurs. Vingt ans plus tard, ils se retrouvent concurrents au même championnat. «Le grand bleu», c'est l'amitié de ces deux hommes, liés définitivement à la mer.

Une immense soucoupe volante envahit le ciel terrestre, libérant un nombre infini de plus petites soucoupes qui prennent position au-dessus des plus grandes villes du monde. Un informaticien new-yorkais décrypte les signaux émanant des étranges voyageurs. Ils ne sont pas du tout amicaux et ces extraterrestres se préparent à attaquer la Terre.