Au Japon, dans la ville de Karakura, des esprits font leur apparition. Le monde est alors menacé de destruction par le groupe Dark One. Ichigo et ses amis vont tout tenter afin de sauver le monde.

Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.

Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!

Hinako, une fille passionnée de surf, déménage dans une ville balnéaire. Lors d'un incendie, elle est sauvée par un pompier nommé Minato. De cet incident va naître une incroyable fusion entre deux êtres aux éléments contraires. Mais Minato meurt en surfant seul. Alors que tout le monde tente de surmonter sa peine, Hinako s'accroche à l'esprit de son ami, qui rejaillit dans sa vie sous forme d'eau.

Jun TENDÔ est un jeune lycéen fraîchement débarqué dans la ville de Kyōto. Ayant perdu son père dans un accident sept ans auparavant, il vit depuis seul avec sa mère. Un jour, de retour de l'école, il est poursuivit par un démon.Réfugié dans un vieux temple, il est secouru par le légendaire Momotarō et se retrouve bientôt projeté un millénaire auparavant dans le Kyōto devenu capital du Japon et en proie à des profonds troubles. Les habitants y combattent avec ferveur les pratiquants de la magie - appelés démons - qu'ils croient responsable du retour de Yamata-no-Orochi. Une légende parle de la venue d'un être pur qui combattera le démon et Jun est accueilli comme l'enfant héros de la prophécie.Tiraillé entre les seigneurs de Kyōto et le clan des démons représenté par la jeune Mizuha, le jeune garçon devra faire des choix et répondre à cette épineuse question : les Hommes et les Démons ne peuvent-ils pas coexister ?