Jiro est un étudiant en sciences qui n’a jamais eu de petites amies. Il a pris l’habitude de fêter ses anniversaires seul en s’offrant lui-même un cadeau et en déjeunant toujours dans le même restaurant. Mais pour cette année cette habitude ne sera pas respectée car un cyborg aux traits féminins venant du futur vient passer son anniversaire avec lui, avant de repartir quelques heures plus tard. L’année suivante, le cyborg revient cette fois pour lui sauver la vie.

Au Japon, le lieutenant colonel Yuki recommande la création d'une école d'entraînement pour les espions, que l'on appellera "D Kikan". Kato, après avoir refusé de suivre l'ordre d'un supérieur, doit faire face à sa punition. Il est ainsi envoyé dans l'école "D Kikan", où il reçoit un dur entraînement. Puis, enfin, il doit accomplir sa première mission en tant qu'espion : récupérer des documents confidentiels nommés "Black Note", appartenant à l'ambassadeur américain Graham. Kato s'infiltre. Une bataille commence alors entre Kato, une mystérieuse femme nommée Rin, les espions britanniques, les espions soviétiques, et l'armée radicale japonaise.

Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.

En 1557, les pirates japonais Wakō pillent des villages côtiers chinois. Les généraux Yu Dayou et Qi Jiguang doivent mettre au point une stratégie pour combattre ces pirates.